院级重点科室，主要以腹腔镜微创手术、结肠镜、双气囊小肠镜为特色，专业收治小儿普外科疾病，主要包括：(1)各种先天性疾病，如：斜疝、胆总管囊肿、食管裂孔疝、膈疝、肛门闭锁、巨结肠、消化道重复畸形、美克尔憩室、肠旋转不良、甲状舌管囊肿、鳃瘘、梨状窝瘘等；(2)感染性疾病，如：阑尾炎、胆囊炎、胰腺炎、各种软组织感染等；(3)梗阻性疾病，如：肠套叠、肠狭窄、肠梗阻等；(4)小儿肿瘤，如：血管瘤、淋巴管瘤、肠息肉、神经母细胞瘤、肝母细胞瘤、畸胎瘤、小儿卵巢肿瘤等；(5)创伤性疾病，如：肝脾胰外伤破裂、肠破裂等；(4)其它，如：胆石症、各种血液病所致脾功能亢进、门静脉高压等。年收治患儿约3000例，年手术量近2000例，其中70%的手术为微创手术。病源覆盖全省，甚至北京、河南、山东、重庆、湖北、江苏等地病人常经网络查询后前来就诊。科室现有医生13人，职称：主任医师1人，副主任医师5人；学历：博士2人，在读博士1人，硕士8人。科主任戚士芹是安徽省卫计委第五周期小儿外科"学术和技术带头人(青年领军人才)"，《中华小儿外科杂志》通讯编委，《临床小儿外科杂志》通讯编委。