脑病科成立于2000年，是国家中医药管理局命名确定的全国"十五"、"十一五"重点中医专科和甘肃省重点中医药专科，全国中医脑病重点专科协作组单位成员。科室分脑病一科、脑病二科，有主任医师1人、副主任医师4人、主治医师3人、医师2人。该专科采用中医辨证分型治疗、口服汤剂与静脉用药相结合、针灸、推拿、点穴按摩、康复训练、中药熏洗、中药浴足、穴位艾灸、中药离子导入、穴位敷贴等中医特色疗法治疗中风病（如脑梗死、脑出血）和对头痛、眩晕、郁证、不寐、颤病及呆病等相关疾病的中医诊治方面积累了丰富的经验。研制出疗效显著的院内制剂"豨蛇治瘫丸"、"芪芍护脑荣筋胶囊"、"水蛭胶囊"等，其中有2种制剂入选全省医疗机构调剂使用品种。