儿童感染科成立于1979年，承担儿童感染性疾病和肝病的临床诊疗、教学和科研工作。诊疗疾病范围逐渐扩大，涵盖儿童常见传染病、新发传染病、感染性疾病及肝脏疾病等，其中手足口病、流行性感冒、登革热、传染性单核细胞增多症、巨细胞病毒感染、病毒性肝炎、婴儿胆汁淤积症及肝功能不全等是最常接诊的疾病类型，收治患者覆盖广东，广西，海南，福建，湖南等十余省份。新型冠状病毒肺炎疫情暴发，诊疗范围进一步扩展至此次新发传染病的筛查及疑似和确诊患儿救治工作。2017年及2019年均获得广东省"医院最强科室"推荐。目前儿童感染科设有感染门诊、肝病门诊及专科病房，病房床位数50张，增城院区于2020年10月建成，其中一栋感染楼，兼具发热门诊功能，增设50张床位，合计病床数100张。目前专科出院人数及专科门诊人数均逐年递增，其中专科出院人数超过2400人次/年，专科门诊人数超过51000人次/年。2019年底新冠肺炎疫情暴发，妇儿中心为儿童新冠肺炎定点收治单位，感染科是重要执行科室，增设发热门诊（新冠肺炎筛查）及新冠留观病区，2020年共接收新冠肺炎筛查患者1788例，病房共收治筛查患儿275例，收治确诊患儿23例。儿童感染科建立了儿童手足口病危重症早期识别、急诊处理及预后随访系统防治体系，大大降低了相关疾病的病死率。同时，作为华南地区最大的儿童肝病临床诊疗中心，已经常规开展经皮肝穿刺活检术，为疑难肝病的诊治提供了技术支持。另外，引进了肝脏瞬时弹性成像技术，其作为一种重要的肝纤维化无创诊断技术，因其无创、便捷、易于操作的特点，利于肝脏疾病的评估及随访。