儿童消化内科成立于1987年，2011年获得国家临床重点专科、广东省临床重点专科及广州市临床重点专科。2019年获得广州市临床重点专科。目前拥有专科固定病床55张，每年收治住院病人约3900人次，年门诊量达80000人次。儿童消化内科在疾病诊治方面取得长足进步，包括炎症性肠病、营养不良、短肠综合征、消化道出血、腹泻病、急慢性胃十二指肠疾病、食物过敏性胃肠病、消化道息肉和功能性胃肠病，以及需要内镜下治疗的疾病。目前开展以下专科内镜技术：胃镜、结肠镜、小肠镜、胶囊内镜、经皮内镜下胃造瘘术及胃-空肠造瘘术，内镜下治疗（息肉切除术、异物取出术、内镜下球囊扩张术、静脉曲张硬化剂注射治疗、十二指肠隔膜切开术、内镜下止血术、血管瘤套扎等）。建立儿童胃肠动力检测中心，已开展胃电图检查、食管/肛门直肠测压、食管PH及阻抗监测、小肠动力、生物反馈治疗等项目。近年专科在消化系统急危重症的抢救方面取得不错的成绩。