儿童呼吸科有着悠久的历史，上世纪70年代已正式成立专科。在几代呼吸科人的努力下，目前已成为集临床、教学、科研于一体，在华南地区乃至全国享有较高知名度的小儿呼吸专科。为卫生部国家临床重点专科，卫生部儿童呼吸内镜培训中心，广东省卫生厅"十二五"医学会重点学科和临床重点专科。同时被评为"儿科支气管镜临床应用和技术推广先进单位"和"广东省医院最强科室"。为中山大学、广州医科大学、暨南医科大学研究生带教点。目前拥有专科固定病床73张，每年收治住院病人约3796人次，年门诊量达85176人次。儿童呼吸科由两个呼吸专科病房和两个呼吸专科门诊组成。下设标准化雾化吸入治疗中心、儿童电子支气管镜诊疗中心暨日间病房、小儿特异性免疫诊疗室、婴幼儿肺功能室、标准化哮喘门诊等亚单位。科室在呼吸内科疾病诊治方面取得长足进步，包括重症肺炎、支气管炎、支气管哮喘、气胸、肺间质疾病、肺血管病、发热查因以及合并免疫缺陷的肺部疾病的诊断治疗方面有独到之处，特别是支气管哮喘的标准化门诊和个体化治疗上处于国内领先水平；闭塞性细支气管炎的诊断和无创呼吸通气；各种支气管镜检查和经内镜介入治疗新技术、可以在全麻和局麻下能熟练的进行常规的进行肺部探查、支气管肺泡灌洗、钳取支气管异物、支气管内膜活检等及内窥镜直视下肺出血、气管肿瘤诊治，同时也开展了经支气管镜二氧化碳冷冻治疗术、电切、球囊扩张术、氩等离子体凝固等多项肺部介入技术。